公益组织孵化器项目由NPI于2006年设计成型，2007年4月正式运行，旨在为初创期民间公益组织提供关键性支持。公益组织孵化器应用“社会力量兴办、政府政策支持、专业团队管理、社会公众监督、公益组织受益”的模式培育和扶持初创期民间公益组织发展。

　　公益组织孵化器项目为初创期公益组织提供关键性的支持，包括办公场地、办公设备、能力建设、小额补贴、注册协助等。为被孵化机构提供专业的指导，让优秀的项目赢得时间和机会去成长，探索自己独立发展的道路。

　　这一带有全国示范性的创新模式已经获取了来自于政府、资助机构、NPO业界、媒体和各方专家的关注和肯定。2008年，上海慈善大会将“公益组织孵化器”项目评选为“最佳项目创新奖”。国家民政部对这一模式给予了高度评价，多次强调要在上海乃至全国更大范围内对孵化器模式进行推广。

　　2008年5月时逢汶川地震，NPI成都办公室适时而生；2008年底，NPI北京办公室成立。2009年10月，NPI深圳办公室成立。公益组织孵化器项目实现了成功复制和推广。